표창장 위조 재판에 대한 법리적 질문

일단 기사 링크부터 하겠습니다.
https://news.v.daum.net/v/20191210151747809?f=m

“검찰은 추가로 공소장을 제출하더라도 처음 기소한 사건에 대해서는 공소를 취소하지 않을 예정이다. 2심에서 공소장 변경을 불허한 1심의 결정이 정당한지를 판단 받겠다는 게 검찰의 판단이다.”

법리적으로 이게 가능한가요? 재판부가 별개의 사건이라고 했으므로 추가 기소가 가능하다고 하는데 첫번째 공소도 취하를 하지 않는다면 표창장이 두 개 있어야 하는 것 아닐까요? 그런데 같은 표창장을 각각 다른 날 다른 방법으로 위조해서 한 번만 사용했다... 형사법에 문외한인 제가 봐도 둘 중에 하나밖에 사건성립이 안될 것 같은데요.

다음은 순전히 제 머리속의 뇌피셜로 짜 본 상황입니다. 역시 법리적 질문인데요.
표창장 원본이 발견되지 않은 상황에서 만약 정경심씨가 검찰을 믿을 수 없어서 어디에 숨겨놓고 제출하지 않고 있다가 재판에서 제출하며 극적으로 ‘위조’라는 사건이 무죄로 결론이 난다면 이 경우에는 증거인멸에 해당하는 건가요? 원본을 갖고 있어서 위조한 사실 자체가 없으니 이 경우 원본 표창장을 증거라고 볼 수 없을 것 같은데요. 공무집행 방해죄 정도는 적용할 수 있겠으나 만약 ‘잃어버린 줄 알았는데 백방으로 뒤져서 찾아냈다’고 주장 한다면 고의성을 입증하기도 힘들테고 드라마나 영화보니까 재판중에 변호사 스탭이 들고 와서 들이밀기도 하던데요. 떼인돈받아드림님의 근황이 궁금해지는 밤입니다.